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全面深化农村改革是党和国家的农村方针政策的主要内容之一。专家指出，我国农村改革与发展是一项庞大的系统工程，要在探索中不断开拓创新，总结经验，与时俱进。从建设社会主义新农村的目标要求出发，结合农村的基本现状和农村工作的实际内容，“十一五”期间，进一步深化农村改革，政府应做好以下几方面的工作：
一、健全粮食和食品安全体系
“十一五”期间，乃至未来的几十年内，我国粮食需求总量仍呈增长的态势。粮食安全是国家安全的重要组成部分。为了确保粮食安全，必须做到：
第一，要实行最严格的耕地保护制度。我们要从全局、长远考虑问题，树立科学合理节约用地的观念，正确处理耕地保护与经济社会发展的关系，切实解决占地用地不合理不科学、过多过滥的问题，确保基本农田总量不减少、质量不降低、用途不改变。
第二，要在继续实施粮食直补、良种补贴、农机补贴和保护价收购政策的基础上，加大财政对农业保险的支付力度，建立农业风险防范机制，对遭遇自然灾害的农民给予救助，确保他们的正常生活及再生产，以保护农民种粮的积极性。
第三，要合理确定国家粮食储备规模。要对国家粮食储备体系从制度上重新进行设计，采取有效措施，切实保护粮食生产能力，以应对可能发生的粮食危机，为经济发展和社会进步奠定良好基础。
第四，要确立食品安全目标，加强食品生产安全的管理。
二、以农业结构战略性调整为切入点提高农业竞争力
当前我国农业和农村经济发展中的突出矛盾仍然是结构不合理，主要表现在农产品质量不高，不能适应市场需求的变化；农业区域结构雷同，影响各地比较优势的发挥；农产品加工程度低，制约增值效益的提高和消费需求的扩大。“十一五”期间，农业生产要在确保国家粮食安全的基础上，推进农业结构的战略性调整：
第一，要按比较优势调整农业结构。从长远看，在我国国民经济逐步与国际经济接轨的情况下，根本性的粮食安全保障是发展高效农业，参与国际农业经济循环。调整农业产业结构，应树立效益农业新理念，按国际分工要求，发挥自身优势，强化优势产业，弱化劣势产业，发展高效农业、特色农业。
第二，要加快林业、畜牧业和水产业的发展，推进农产品标准化生产，全面提高农产品的质量和安全水平，提高农业的竞争力和农民的增收能力。
第三，要继续优化农业区域布局，推动优势农产品和特色农产品向优势产区集中，形成优势农产品产业带，促进农业的规模化、优质化、标准化生产，不断提高农业产业化经营水平。
第四，要大力发展农村二、三产业。
